Netranspozícia a nesprávna implementácia právnych predpisov EÚ
Základným predpokladom náležitého prebratia smernice je dosiahnutie úplného súladu vnútroštátneho právneho poriadku s jej cieľom a požiadavkami v stanovenej lehote. Ďalšou požiadavkou je vykonanie jasnej a presnej notifikácie (oznámenia) príslušných vnútroštátnych transpozičných opatrení Európskej komisii. Notifikácia musí jednoznačne obsahovať informácie a texty zákonov, iných právnych predpisov a správnych opatrení alebo akýchkoľvek iných ustanovení vnútroštátneho práva a prípadne aj judikatúry vnútroštátnych súdov, ktoré podľa názoru členského štátu zabezpečujú splnenie jednotlivých požiadaviek, ktoré sa im ukladajú smernicou. V prípade, že to smernica vyžaduje, je potrebné zabezpečiť aj splnenie nelegislatívneho aspektu transpozície – zasielanie rôznych informácií, napríklad správ, analýz, tabuliek zhody, či údajov o príslušných implementačných orgánoch.
Postup Komisie, ktorá dohliada na uplatňovanie predpisov EÚ, pozostáva z viacerých etáp konania. Prvou je formálna výzva, ktorú posiela EK dotknutým členským štátom. Na pretrvávajúce problémy EK následne upozorní členský štát v odôvodnenom stanovisku.
V prípade, že by požiadavky náležitej transpozície či implementácie právnych predpisov EÚ neboli splnené, vystavuje sa členský štát nebezpečenstvu začatia konania podľa článku 258 Zmluvy o fungovaní EÚ (ZFEÚ) pre nesplnenie zmluvných povinností (infringement proceedings):
„Ak sa Komisia domnieva, že si členský štát nesplnil povinnosť, ktorá pre neho vyplýva zo zmlúv, vydá odôvodnené stanovisko po tom, čo umožní tomuto štátu predložiť pripomienky. Ak daný štát nevyhovie stanovisku v lehote určenej Komisiou, Komisia môže vec predložiť Súdnemu dvoru Európskej únie.“
V prípade, že konanie vyústi až do štádia predloženia veci Súdnemu dvoru EÚ a ten rozhodne o nesplnení povinnosti, je členský štát povinný urobiť potrebné opatrenia, aby vyhovel takémuto rozsudku. Ak sa Európska komisia domnieva, že členský štát nesplnil rozsudok Súdneho dvora, môže podľa článku 260 ods. 2 začať druhú fázu konania, ktorá môže vyústiť znovu až do predloženia veci Súdnemu dvoru EÚ, pričom po nadobudnutí platnosti Lisabonskej zmluvy má táto fáza konania rýchlejší priebeh. Rozsudok v tejto fáze konania už môže obsahovať uloženie finančných sankcií – paušálnej pokuty alebo penále. Výnimka zavedená Lisabonskou zmluvou sa týka iba špecifického nesplnenia povinností, ktorým je neoznámenie (nenotifikácia) opatrenia, ktorým bola transponovaná smernica prijatá v súlade s legislatívnym postupom v zmysle článku 260 ods. 3 ZFEÚ. V tomto prípade zmluva umožňuje Komisii navrhnúť Súdnemu dvoru EÚ uloženie finančných sankcií už v prvej fáze konania. Predstavuje to možnosť uložiť paušálnu pokutu alebo penále v konaní na Súdnom dvore EÚ v prvotnej fáze súdneho konania bez predchádzajúceho rozhodnutia Súdneho dvora EÚ, ktoré by konštatovalo nesplnenie povinnosti.
Rozsah finančných sankcií je špecifikovaný v oznámení Komisie o uplatňovaní článku 228 Zmluvy o ES. Európska komisia žiada vždy podľa oznámenia minimálnu paušálnu pokutu a minimálne denné penále. Minimálna paušálna pokuta v prípade Slovenskej republiky predstavuje sumu 939 000 Eur a výška denného penále sa v prípade Slovenskej republiky môže pohybovať v rozpätí od 1 132,30 Eur do 67 938 Eur v závislosti od závažnosti porušenia povinností vyplývajúcich z práva EÚ, dĺžky jeho trvania a potreby zabezpečiť odstrašujúci účinok samotnej sankcie, aby sa predchádzalo recidívam.
Transpozičná lehota je v zásade určená v samotných smerniciach. Takto určenú lehotu nie je možné členským štátom predĺžiť. Preto tak nemôže urobiť ani vláda Slovenskej republiky. V prípade, ak hrozí nedodržanie lehoty na transponovanie smernice, je potrebné rokovať s Európskou komisiou, vysvetliť jej dôvody a navrhnúť harmonogram krokov na odstránenie deficitu.